机动车电子标识技术区别于当前中国应用较为广泛的北斗卫星导航系统(BEIDOU)（下文统称“北斗”）。北斗定位系统使用卫星信号，对于车辆室外定位在精度上有着较大优势，在交通领域主要应用是汽车导航及车辆当前位置信息互动。
然而，如将北斗卫星系统用于全社会车辆的信息采集与管理是不现实的。从技术上来说，第一， 当汽车行驶到地下隧道、高层楼群、大型遮掩物时会出现捕获不到北斗卫星信号的情况，而车辆是经常需要在恶劣环境情况下运行的；第二，北斗卫星定位系统虽然可以通过赋予设备ID号来识别车辆，但存在着GPS车载设备价格较贵，需要持续供电或充电，信号不稳定等问题；第三，GPS技术并不适合诸如不停车电子收费、自由流电子收费等应用，因卫星系统无法处理每部车辆的加密缴费信息。第四，北斗和GPS技术虽然能够接收信号，但无法将车辆信号传输出去，只能进行单项通信。
从应用层面来说，第一，机动车电子标识是国家推广的技术方案，由公安部制定并执行，符合对全社会车辆管理的定义，意义与车辆号牌类似；第二，机动车电子标识标签承载了车辆真实身份信息，标签内信息不可复制、修改、仿造，且贴上后不可摘除，强制撕毁无效。确保了它的唯一性，而北斗车载设备是可以随意转让的；第三，交通是经济的动脉，由于导航卫星与地面接收器是一对多的设置，受众面十分广大，如果交通系统过度依赖卫星定位技术，一旦卫星瘫痪则难以恢复到传统的管理方式，这必将给正常社会秩序带来负面影响。
